Martínez Molecular Modeling Group

Institute of Chemistry and Center for Computing in Engineering and Science

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SFI5854 - Termodinâmica de Sistemas Biológicos

Cronograma: [PDF]

Listas de exercícios: [PDF]
Obs: Estas listas podem mudar ao longo do semestre. Mantenha-se informado.

Exercícios para a prova:	Lista IV - Exercícios 1 a 26
	Lista III - Exercícios 1 a 25 (exceto 3)
	Lista II - Exercícios 1 a 19.

Ementa: 1.Cinética da interação com ligantes. Reações unimoleculares;reações biomoleculares;mecanismos de Michaelis-Menten;cinética de estados em equilíbrio;princípios termodinâmicos de cinéticas de relaxação;caso da ribonuclease. 2. Regulação da atividade biológica. Enzimas alostéricas;modelo WMC;hemoglobina. 3.Termodinâmica molecular .Mecanismos moleculares:potenciais moleculares e interações eletrostática;estabilização das interações em macromoléculas:estrutura de proteínas e estrutura de ácidos nucléicos;simulação de estruturas macromoleculares:minimização de energia, dinâmica molecular, entropia, efeito hidrofóbico. 4. Estatística configuracional de cadeias poliméricas. Cálculo de propriedades dependentes da conformação; a cadeia "random-walk"; a cadeia com rotação livre; cálculos para polipeptídeos. 5.A transição "helix-coil". Tratamento termodinâmico da transição; funções de partição para o equilíbrio conformacional; o modelo do zíper; método da função de partição. 6.Enovelamento de proteínas. Transições conformacionais; obtenção dos parâmetros termodinâmicos:modelo de dois estados; estudos de equilíbrio; estudos cinéticos; interpretação de cinética bifásica. 7.Transições estruturais em ácidos nucléicos. Comparação com os estudos em proteínas;estrutura e estabilidade de cadeias simples; equilíbrio entre cadeias simples e duplas; flutuações estruturais; transições "premelting" em DNA.

Bibliografia: Biophysical Chemistry - part III, C.R. Cantor e P.R. Schimmel, W.H. Freeman, San Francisco, 1980. - Principles of physical biochemistry, K.E. Holde, W.C. Johnson e P.S. Ho, Prentice Hall, Upper Saddle River, 1998.