Martínez Molecular Modeling Group

Institute of Chemistry and Center for Computing in Engineering and Science

University of Campinas

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Material didático

Fundamentos Computacionais de Simulações em Química

Professor responsável: Leandro Martínez

IMPORTANTE:

- A disciplina terá acompanhamento presencial nos seguintes horários: Quintas Feiras 10:00-12:00 e 14:00-16:00.

- Não haverá aulas às Segundas Feiras.

- Os alunos podem cursar a disciplina de forma individualizada, seguindo o estudo dirigido e os exercícios que serão fornecidos.

- Teremos uma sala no Zulip para dúvidas, discussões, etc. Instalem o Zulip no seu computador ou outro dispositivo e inscrevam-se em: qf935.zulipchat.com

Ementa
Curso de natureza prática, abordando: Elementos básicos de programação numérica. Integração numérica de equações diferenciais. Condições de contorno. Elementos básicos de otimização. Cinética de reações complexas. Integração de equações de movimento. Estabilidade. Condições periódicas de contorno. Controle de temperatura: termostatos de reescalonamento e termostato de Langevin. Controle de pressão. Simulações de Monte-Carlo. Propriedades estruturais. Cálculos de propriedades médias. Propriedades termodinâmicas.

Versão em Julia

Tutorial com exercícios: [tutorial-Julia.pdf]

Solução de atividades selecionadas: [solucoes-Julia.pdf]

Mais detalhes sobre a representação dos números no computador podem ser vistos neste tutorial do Prof. Paulo Silva (IMECC): Computação com precisão finita

Artigo sobre a linguagem Julia na Nature: https://www.nature.com/articles/d41586-019-02310-3

How to create beautiful publication-quality plots in Julia

Cursos online para aprender e se aprofundar na linguagem Julia:
https://cio.com.br/3-cursos-online-para-aprender-a-linguagem-de-programacao-julia/

Versão em Fortran

Compiladores de Fortran:

Para Linux: gfortran. Disponível em todas as distribuções, basta instalar a partir dos gerenciadores de pacotes.

Para Windows:
A opção mais fácil que encontrei foi esta: http://force.lepsch.com/p/download.html Clique na primeira opção: "Force 2.0.9 + GNU Fortran (GFortran)". Instale o programa normalmente, como qualquer programa do Windows. O programa a ser executado se chama "Force 2.0", e é um editor de textos para códigos em Fortran. Tutorial com exercícios - versão em Fortran: [tutorial.pdf]

Solução de atividades selecionadas: [solucoes.pdf]